Under 1600-talet utvecklades Sverige till en militär stormakt samtidigt som internationella kontakter och handelsutbyte vitaliserades. I stormaktens mitt, omgärdat av tusentals svårnavigerade öar, skär och lömska undervattensgrynnor låg Stockholm. Härifrån administrerades landets moderniserade och effektiviserade förvaltning av skatter och tullar för de skepp som utgjorde kontakterna med utlandet. Farlederna genom skärgården kantades av en brokig och ständigt föränderlig bebyggelse som till största delen bestod av skepp.
Spåren efter segelfartygen försvann från havsytan så snart kölvattnet lagt sig, och Stockholms skärgård framstår idag i det närmaste som ett orört naturlandskap. I Stormaktsskärgård berättar arkeologen Niklas Eriksson hur staten omformade farlederna och skapade förutsättningar för handelssjöfarten att röra sig bland skären. Eriksson skildrar en landskaps historia i gränslandet mellan stormakten och det öppna havet, berättad utifrån reseskildringar, kartor, fornlämningar, bilder, skeppsvrak och annat källmaterial.